Po wojnie muzeum w Elblągu utworzono w 1954 r., wykorzystując odnalezione zbiory przedwojennego Muzeum Miejskiego działającego od 1864 r. Początkowo ulokowano je w kamieniczkach nr 11 i 12 przy ul. Wigilijnej. Jednak w związku z rozrastającymi się zbiorami i nie spełnianiem przez budynek niezbędnych wymagań placówki naukwo-oświatowej, w 1973 r. siedzibę muzeum przeniesiono do budynku dawnego Gimnazjum elbląskiego, stanowiącego pierwotnie część Podzamcza. W 1987 r. Muzeum uzyskało również sam budynek tzw. Podzamcza. W zaadaptowanych wnętrzach prezentowane są m. in. wystawy dotyczące historii miasta i regionu, bogate zbiory znalezisk archeologicznych z wikińskiej osady Truso i elbląskiego Starego Miasta oraz kolekcja wyrobów Królewskich Warsztatów Majoliki i Terakoty w Kadynach. Dzięki współpracy z Muzeum "Brama Frydlandzka" w Kaliningradzie, w ramach projektu "Muzeum ponad granicami", utworzony został również nowoczesny system prezentacji holograficznej.