Muzeum powstało dzięki inicjatywie miłośników Regionu, którzy w latach sześdziesiątych XX wieku, rozpoczęli kolekcjonowanie obiektów związanych z historią regionu. Oficjalnie działalność muzealną rozpoczęto w 1991 r., eksponując przedmioty codziennego użytku, sprzęt gospodarczy, takniny, odzież oraz akcesroia obrzędowe związane z kulturą ludową wszystkich grup etnicznych i narodościowych zamieszkujących tereny Polski północno-wschoniej, dawniej i obecnie. Bardzo ważną część zbiorów muzeum stanowią również przykłady sztuki ludowej, w tym obrazy i rzeźby lokalnych twórców oraz bogata kolekcja unikalnych pisanek i wycinanek. Przy Muzeum działa Park Etnograficzny, gdzie prezentowane są przykłady tradycyjnego budownictwa mazurskiego, a we wnętrzach zabytkowych budynków działają pracownie rękodzielnicze. Muzeum współpracuje z okolicznymi zespołami folkorystycznymi, środowiskami polonijnymi w Obwodzie Kalingradzkim, na Białorusi i Litwie, a także organizuje cykliczne międzynarodowe imprezy folklorystyczne.