Obecne Muzeum w Ostródzie powołano 20 września 2000 roku. Ale idea utworzenia w Ostródzie muzeum regionalnego sięga już okresu międzywojennego, kiedy to przy ówczesnym gimnazjum funkcjonowała w mieście spora izba muzealna, której początków należy szukać w zbiorach gromadzonych przez nauczyciela historii Emila Schnippela jeszcze przed I wojną światową. 12 września 1927 roku powołano do życia Stowarzyszenie na Rzecz Muzeum Regionalnego w Ostródzie. Ruszyły przygotowania do założenia muzeum, którego dość bogate zbiory znalazły swoje miejsce przy ówczesnym gimnazjum. II wojna światowa spowodowała rozproszenie zbiorów, niewielkie ich resztki zdołano zachować do dzisiaj. Część z nich znajduje się obecnie w zbiorach Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie. Instytucja ta, pełniąca po wojnie rolę muzeum okręgowego, posiada w swoich zbiorach spore ilości muzealiów pochodzących również z późniejszych prac archeologicznych prowadzonych w Ostródzie w ruinach zamku, staromiejskiego ratusza i na terenie powiatu ostródzkiego. Znaleziska te, pochodzące z różnych okresów historycznych: od pierwszych osad neolitycznych, przez średniowieczną ceramikę i broń do nowożytnych obiektów, stały się później podstawą do stworzenia w Ostródzie ekspozycji prezentującej historię miasta i regionu. W 1997 r. siedzibą muzeum stał się XIV-wieczny zamek pokrzyżacki, w którym ma ono obecnie do dyspozycji trzy sale wystawowe o łącznej powierzchni ok. 350 m2. Spełnia ono rolę muzeum historycznego miasta i regionu ostródzkiego, posiada w swoich zbiorach obiekty pochodzące z wykopalisk archeologicznych, przedmioty użytkowe i pamiątki związane z życiem mieszkańców i ważnych postaci związanych z historią miasta.