W 1912 r. w budynku na Wzgórzu Katedralnym we Fromborku, zwanym Wieżą Kopernika, dzięki inicjatywie kannonika Eugena Brachvogla, powstała pierwsza w mieście izba pamiątkowa poświęcona Mikołajowi Kopernikowi. Po wojnie pierwszą ekspozycję muzealną poświęconą wielkiemu astronomowi, otwarto w 1948 r. w najmniej zniszczonych podczas działań wojennych gotycko-barokowych kanoniach wewnętrznych. Dzięki stopniowej odbudowie budynków wzgórza katedralnego, muzeum zyskiwało nowe powierzchnie wystawiennicze i magazynowe. Obecnie oprócz wystawy poświęconej Mikołajowi Kopernikowi, prezentowane są m. in. zbiory dotyczące historii medycyny, kolekcja XIX i XX wiecznych pieców kaflowych oraz wystawa warmińskiej rzeźby i malarstwa XVI-XIX w. Duże znacznie w działalności muzeum ma praca naukowo-oświatowa w dziedzinie astronomii. W ramach muzeum od 1973 r. funkcjonuje planetarium znajdujące się w przyziemiu dawnej dzwonnicy katedralnej, wspierane od 1981 r. przez obserwatorium astronomiczne znajdujące się na tzw. Górze Żurawiej w pobliżu Fromborka.